Hypo Research

🔬 Hypo-Research

学术科研全流程辅助工具包：从文献调研、创意生成、论文写作检查、模拟审稿到 rebuttal，一站式串联科研工作流。 支持作为 Codex / Claude Skill 调用（$hypo-xxx），也可作为独立 CLI 使用。

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✨ Features

• 21 个 Skill 覆盖科研全流程，每个 Skill 独立可用
• 项目级管理：多论文追踪、进度仪表盘、会议纪要、上下文自动串联
• 多源文献检索：Semantic Scholar / arXiv / OpenAlex，自动去重、排序和元数据质量检查
• 模拟审稿：7 个审稿人角色 + AC Meta-Review + 文献对比审稿
• 科研创意系统：10 种生成策略 + 苏格拉底式拷打 + 评分框架
• 全流程串联：hypo-pilot 一键串联 idea → challenge → experiment → plan
• Rebuttal 生成：审稿意见自动拆分、分类、策略匹配、回复信生成
• 结构化输出：Markdown 报告 / BibTeX / JSON，可直接进入论文项目

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📦 Installation

⚠️ 本项目强制使用 uv 管理依赖和虚拟环境，不支持 pip / virtualenv / conda 工作流。

git clone https://github.com/HypoxanthineOvO/Hypo-Research.git
cd Hypo-Research
uv sync
uv run hypo-research --help

Skill 安装（用于 Codex / Claude）

bash install-skills.sh

安装后 Skill 会出现在以下位置：

• .agents/skills/hypo-research/skills/：Codex Skill bundle 镜像
• plugins/hypo-research/skills/：Claude Plugin skill 镜像
• ~/.codex/prompts/：Codex CLI prompt 副本
• .claude/skills/：Claude Code 本地链接

Codex 也可以从 GitHub path 安装整个 bundle：

$skill-installer https://github.com/HypoxanthineOvO/Hypo-Research/tree/main/.agents/skills/hypo-research

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🚀 Quick Start

第一次使用不需要记住所有 skill 名。先用 guide 让 CLI 判断入口，再按建议进入直接子命令：

# 让自然语言请求路由到 check / read / review / search 等工作流
uv run hypo-research guide "我论文快投了，帮我检查一下"

# 安全执行已知路径：论文检查会运行 check --full
uv run hypo-research guide "我论文快投了，帮我检查一下" \
  --execute --target paper.tex

# 读 PDF：ingest 生成 artifact.json，再 outline 给出结构化提纲
uv run hypo-research guide "读一下这篇 PDF 的方法和实验" \
  --execute --target paper.pdf --out data/reads/paper

uv run hypo-research read ingest paper.pdf --out data/reads/paper
uv run hypo-research read outline data/reads/paper/artifact.json

# 一键写作检查，--full 会附带 Agent-facing claim / evidence / writing checklist
uv run hypo-research check paper.tex --full
uv run hypo-research check ./paper-folder --full
uv run hypo-research check submission.zip --full

# 模拟审稿（ICML/NeurIPS/ACL 等 venue id 可按 --list-venues 查看）
uv run hypo-research review paper.tex --venue icml --panel full --severity standard

# 多 query 扩展检索
uv run hypo-research search "LLM for code generation" \
  -eq "large language models program synthesis" \
  -eq "code generation benchmark evaluation"

# 生成科研创意：默认同时输出 Quick Win 和 Ambitious
uv run hypo-research idea "LLM-assisted literature review" --num-ideas 3

# 运行完整 idea → challenge → experiment → plan 流程
uv run hypo-research pilot "LLM-assisted literature review" --auto-select --venue ACL

# 创建项目并查看仪表盘
uv run hypo-research project create "Cryo Computing" --direction "低温 CMOS 架构加速"
uv run hypo-research project status cryo-computing

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🛠️ Skills 一览

一线入口

入口	CLI	适合场景
hypo-guide	guide	不确定该用哪个工作流；可用 --execute 执行安全路径
hypo-check	check --full	论文快投、写作质量 gate、LaTeX + BibTeX 聚合检查
hypo-review	review	模拟审稿、AC meta-review、revision roadmap
hypo-read	read ingest/outline/extract	PDF 结构化读取、提纲、方法/数据/图表/claim evidence cards

下面的 expert skills 仍然是一等入口，适合明确任务或深度串联。

Paper Target 支持

论文 target 不限于单个文件：

• check / review：支持 .tex、LaTeX 项目文件夹、.pdf，以及 .zip / .tar* 压缩包。
• read ingest：支持 .pdf、包含唯一 PDF 的文件夹，以及 .zip / .tar* 压缩包。
• guide --execute --target 复用同一套解析规则。
• 如果文件夹或压缩包里有多个候选主文件/PDF，CLI 会列出候选并要求指定具体文件。

📚 文献调研（4 个）

Skill	CLI 入口	功能
hypo-survey	search	多源文献检索、自动去重、排序、报告生成
hypo-search	search	快速定向检索，支持 -eq/--extra-query Query Expansion
hypo-screen	Skill 文档	按规则筛选和分类已有调研结果
hypo-cite	cite	从种子论文沿引用 / 被引关系扩展候选池

✍️ 论文阅读、写作与检查（7 个）

Skill	CLI 入口	功能
hypo-read	read	PDF ingest / outline / evidence cards
hypo-lint	lint	LaTeX label / ref / float / BibTeX 结构检查
hypo-verify	verify	BibTeX 引用真实性和元数据交叉验证
hypo-check	check	一键 writing pipeline：lint / fix / verify / report
hypo-presubmit	presubmit	兼容/legacy 提交前 wrapper，保留 PASS / WARNING / FAIL 输出
hypo-polish	Skill 文档	学术英文润色和定向改写
hypo-translate	Skill 文档	中英双语 LaTeX 草稿同步维护

🔍 审稿与回复（2 个）

Skill	CLI 入口	功能
hypo-review	review	模拟审稿（7 角色 + AC Meta-Review + 修改路线图 + 一致性检查）
hypo-rebuttal	rebuttal	审稿意见拆分 → 分类 → 回复策略 → Rebuttal Letter

🧠 科研创意与规划（5 个）

Skill	CLI 入口	功能
hypo-idea	idea	科研创意生成（Quick Win / Ambitious 双模式）
hypo-challenge	challenge	苏格拉底式拷打（5 维度 × 3 严厉度）
hypo-experiment	experiment	实验方案设计（baseline / dataset / metric / ablation）
hypo-plan	plan	工作规划、论文大纲、时间表和风险缓解
hypo-pilot	pilot	全流程串联：idea → challenge → refine → experiment → plan

📂 项目与会议（2 个）

Skill	CLI 入口	功能
hypo-project	project	项目级科研管理（多论文、进度、仪表盘、会议、上下文串联）
hypo-meeting	meeting / glossary	ASR 转写会议纪要整理、术语纠正、全局 glossary 管理

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💡 作为 Codex / Claude Skill 使用

这是 Hypo-Research 的推荐使用方式。在 Codex 或 Claude 中通过 $hypo-xxx 调用：

$hypo-survey 帮我检索 "transformer architecture" 相关的最新论文，限定 2024 年以后

$hypo-review 审一下 paper.tex，按 NeurIPS 标准，full panel，standard 严厉度

$hypo-idea 方向是 "low-rank adaptation for vision models"，给我 Quick Win 和 Ambitious 各 3 个

$hypo-rebuttal 帮我处理 reviews.md 里的审稿意见，目标会议 ICML

多 Skill 串联

$hypo-pilot 方向 "LLM-assisted scientific literature review"，目标 ACL，跑全流程

hypo-pilot 会自动串联：创意生成 → 拷打验证 → 实验设计 → 工作规划，并给出导师式综合评语。

项目管理 Skill

$hypo-project 创建项目 "Cryo Computing"，方向 "低温 CMOS 架构加速"

$hypo-project 查看 cryo-computing 的项目仪表盘

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🖥️ 作为 CLI 独立使用

所有已接入 CLI 的功能可直接调用：

uv run hypo-research --help

uv run hypo-research guide       # 自然语言路由，可选 --execute
uv run hypo-research read        # PDF 读取、提纲和 evidence cards
uv run hypo-research search      # 文献检索
uv run hypo-research cite        # 引用图扩展
uv run hypo-research lint        # LaTeX 结构检查
uv run hypo-research verify      # BibTeX 元数据验证
uv run hypo-research check       # 写作质量一键检查，推荐 --full
uv run hypo-research presubmit   # 兼容/legacy 提交前检查 wrapper
uv run hypo-research review      # 模拟审稿
uv run hypo-research idea        # 创意生成
uv run hypo-research challenge   # Idea 拷打
uv run hypo-research experiment  # 实验设计
uv run hypo-research plan        # 工作规划
uv run hypo-research pilot       # 创意全流程串联
uv run hypo-research project     # 项目管理
uv run hypo-research rebuttal    # 审稿回复
uv run hypo-research meeting     # 会议纪要
uv run hypo-research glossary    # 会议术语表
uv run hypo-research init        # 初始化 .hypo-research.toml

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📂 Project Manager

hypo-project 提供项目级科研管理，支持多论文追踪、进度可视化、会议纪要集成和上下文自动注入。

项目默认保存在：

~/.hypo-research/projects/

也可以用环境变量覆盖：

export HYPO_RESEARCH_PROJECTS_DIR=/path/to/projects

完整工作流

# 1. 创建研究项目
uv run hypo-research project create "Cryo Computing" \
  --direction "低温 CMOS 架构加速" \
  --description "探索低温计算中的架构与近似计算机会"

# 2. 添加论文
uv run hypo-research project paper add cryo-computing \
  "基于低温特性的近似计算框架" \
  --slug approx-framework \
  --venue ISCA \
  --deadline 2027-01-15

# 3. 导入已有 survey 输出
uv run hypo-research project import survey cryo-computing data/surveys/cryo/results.json

# 4. 记录会议纪要
uv run hypo-research project meeting add cryo-computing \
  --text "导师说：近似计算方向OK，注意精度损失
TODO: 下周前完成 ablation
决定：baseline 要加上常温 CMOS 对照" \
  --tag advisor \
  --paper approx-framework

# 5. 添加里程碑
uv run hypo-research project milestone add cryo-computing \
  "完成 ablation 实验" \
  --due 2026-05-02 \
  --paper approx-framework

# 6. 查看仪表盘
uv run hypo-research project status cryo-computing

仪表盘输出示例

项目：Cryo Computing
方向：低温 CMOS 架构加速
阶段：active

论文：基于低温特性的近似计算框架 (approx-framework)
目标：ISCA | 截稿：2027-01-15 | 阶段：survey
进度：░░░░░░░░░░ 2%
距离截稿：263 天

近期里程碑
- [待办] 完成 ablation 实验 | due=2026-05-02 | paper=approx-framework

最近会议决策
- [2026-04-27 advisor] 导师说：近似计算方向OK，注意精度损失
- [2026-04-27 advisor] baseline 要加上常温 CMOS 对照

上下文自动串联

项目管理器会自动将已有调研、已否决创意、导师决策注入到其他 Skill 中：

uv run hypo-research project idea cryo-computing --paper approx-framework

注入的上下文示例：

项目上下文（注入到 hypo-idea）
- 研究方向：低温 CMOS 架构加速
- 已有 survey：survey.json: Cryogenic CMOS Approximate Computing, FHE Acceleration under Low Temperature
- 避免重复的已否决 ideas：无
- 导师/组会决策：近似计算方向OK，注意精度损失；baseline 要加上常温 CMOS 对照
- 约束：deadline=2027-01-15; venue=ISCA

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✉️ Rebuttal 生成

hypo-rebuttal 处理审稿意见的完整流程：

uv run hypo-research rebuttal reviews.md --paper-draft draft.md
uv run hypo-research rebuttal reviews.md --project cryo-computing --paper approx-framework --output json
uv run hypo-research project rebuttal cryo-computing --paper approx-framework --reviews reviews.md

处理流程：

1. 拆分：将审稿意见自动拆分为独立 comment
2. 分类：标记为 factual_error / misunderstanding / valid_concern / suggestion / praise
3. 策略：匹配 correct / clarify / acknowledge / supplement / thank
4. 生成：输出结构化 RebuttalResult 和 Rebuttal Letter

输出示例：

Dear Area Chair and Reviewers,

We thank the reviewers for their careful reading and constructive feedback.

Reviewer 1, Comment c001. The paper lacks a strong baseline experiment.

Response. We agree this is an important concern. We will add a focused
comparison and report the result in the revised experiment section.

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⚙️ 自定义配置

项目配置

uv run hypo-research init
uv run hypo-research init --dir ./paper

配置文件名固定为 .hypo-research.toml。优先级：

CLI 参数 > 配置文件 > 环境变量 > 内置默认值

Semantic Scholar API Key（可选）

不设置 API Key 也可使用公共端点；设置后可以提高搜索速率。

export SEMANTIC_SCHOLAR_API_KEY="your-key-here"

申请地址：https://www.semanticscholar.org/product/api#api-key-form

审稿人角色

hypo-review 内置 7 个审稿人角色，可通过 CLI 查看：

uv run hypo-research review --list-reviewers
uv run hypo-research review --list-venues

其中丁麒涵现在定位为 Experimental Rigor（实验设计与描述） 审稿人：重点检查实验设计、baseline/ablation 公平性、指标定义、workload、仿真/测量设置和 claim 支撑力度。对硬件、体系结构和 EDA 论文，他不会因为没有公开 RTL、版图、EDA 脚本或完整仿真环境本身扣低分，而是看论文是否把实验假设、资源统计和结果边界讲清楚。

核心角色配置位于：

src/hypo_research/review/reviewers.py
src/hypo_research/review/venues.py

娄萌萌人设

hypo-pilot 的导师人设位于：

src/hypo_research/ideation/pilot.py

评分权重

创意评分权重位于：

src/hypo_research/ideation/scoring.py

当前默认：

# Ambitious
{"novelty": 0.35, "significance": 0.30, "feasibility": 0.20, "clarity": 0.15}

# Quick Win
{"novelty": 0.15, "significance": 0.20, "feasibility": 0.40, "clarity": 0.25}

拷打严厉度

uv run hypo-research challenge idea.json --severity gentle
uv run hypo-research challenge idea.json --severity standard
uv run hypo-research challenge idea.json --severity harsh

进度阶段权重

项目进度按研究阶段加权计算，默认位于 src/hypo_research/project/progress.py：

STAGE_WEIGHTS = {
    "survey": 10,
    "ideation": 15,
    "experiment": 35,
    "writing": 25,
    "review": 10,
    "rebuttal": 5,
}

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🏗️ Architecture

Hypo-Research/
├── src/hypo_research/
│   ├── core/              # 基础设施：多源检索、去重、验证、限速
│   ├── core/sources/      # Semantic Scholar / OpenAlex / arXiv
│   ├── survey/            # 定向文献检索
│   ├── cite/              # 引用图扩展
│   ├── writing/           # LaTeX lint、检查、引用验证、写作统计
│   ├── review/            # 多角色模拟审稿
│   ├── meeting/           # 会议纪要与 glossary
│   ├── ideation/          # 创意生成、评分、拷打、实验、规划、pilot
│   ├── project/           # 项目管理、进度、仪表盘、会议上下文、rebuttal
│   ├── output/            # Markdown / BibTeX / JSON 输出
│   └── cli.py             # CLI 入口
├── skills/                # Skill 指令文件（21 个）
├── .agents/skills/        # Codex Skill bundle 镜像
├── plugins/               # Claude Plugin 镜像
├── tests/                 # 测试（496 total）
├── data/                  # 本地输出数据（可 gitignore）
└── install-skills.sh      # Skill 一键安装脚本

数据存储

• 调研数据：data/surveys/，或 --output-dir 指定目录
• 项目数据：~/.hypo-research/projects/，本地文件系统持久化，git friendly
• 输出文件：当前目录或 CLI 参数指定路径

支持的文献源

文献源	API	备注
Semantic Scholar	公共端点，可选 API Key	论文检索、引用信息、引用验证
arXiv	公共 API	预印本检索
OpenAlex	公共 API	开放学术图谱和交叉验证

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🤝 Contributing

欢迎贡献新的 Skill：

1. 在 skills/ 下创建 hypo-yourskill/SKILL.md
2. 在 src/hypo_research/ 下实现逻辑
3. 同步 .agents/skills/hypo-research/skills/ 与 plugins/hypo-research/skills/
4. 运行 bash install-skills.sh
5. 添加测试到 tests/
6. 运行 uv run pytest

参考现有 Skill 的 SKILL.md 文件作为模板。

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📄 License

MIT License